Funktioner, der er unikke i Namco Museum DS, omfatter valg af skærmfunktion, der gør, at man kan benytte forskellige skærmkombinationer på Nintendo DS. Herved får spillerne mulighed for at tilpasse deres klassiske spil specifikt til Nintendo DS eller benytte den "stående" arkadestil. Spillerne kan også nyde trådløse kampe i Pac-Man VS, en vanedannende version af Pac-Man, som tidligere kun fandtes ved køb eller forudbestilling af tidligere spil. Denne version af spillet muliggør downloading, hvor op til fire spillere kan kæmpe med kun ét spilkort.

• Pac-Man VS blev oprindeligt frigivet i 2003 - og for første gang i serien har du og dine venner nu mulighed for at være de berømte spøgelser fra Pac-Man! Med en person, der spiller som Pac-Man, og op til 3 personer, der spiller som spøgelser, tilbyder dette utroligt sjove multiplayer-spil endeløs underholdning med kun ét spilkort.
• Andre spil medfølger, f.eks. Dig Dug II, Galaga, Galaxian, Mappy, Pac-Man og Xevious.